[okfn-br] faltou software aberto? 15 anos de pesquisa em tomografia perdidos!?

[Angelo Augusto Frozza]

Tente pesquisar esses artigos fechados usando http://sci-hub.cc/
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Prof. Angelo Augusto Frozza, M.Sc.
frozza em ifc-camboriu.edu.br

Doutorando PPGCC/UFSC.

Professor EBTT
IFC - Instituto Federal Catarinense - Campus Camboriú
http://about.me/tilfrozza

Sugestões de leitura:
NoSQL DAiLY - https://paper.li/TilFrozza/1460718203
STARTUP NEWS - http://paper.li/TilFrozza/1392231760
A CAVERNA DO MESTRE - http://paper.li/TilFrozza/1392230815
RESUMO DA SEMANA - http://paper.li/TilFrozza/1392231274


Obrigado Edgar, é a comunidade OKBR auditando e apurando os fatos!

Como coloquei, a questão não pára aí, é sobre ambos, tanto a
metodologia
estatística como software que vinham embarcados nos sistemas fMRI... E a
auditoria de ambos demanda dados, relatórios e artigos: idealmente *Open
Access*.

A dúvida sobre o software ser ou não open-source se resolveu, e posso
reforçar que o Edgar está certo pois conferi ao menos no SPM...
Lembrando
que eles (SPM, FSL ou AFNI) representam o "*kernel do sistema*", não o
sistema em si (interface dos médicos e pesquisadores) que é fechado, e
documentado como 100% confiável pelo seu fabricante e clinicas usuárias.

Vamos à *questão dos artigos científicos fiáveis indicando indícios
do bug
metodológico, serem ou não Open Access.*

Um dos autores, Eklund, já havia dado o alarme antes, em 2012 (!), com o
artigo
   http://dx.doi.org/10.1016/j.neuroimage.2012.03.093
que cai justamente na classe de divulgação que comentei, com copyright,
fechada (US$35)...
alguns populares que citam e são citados por outros caem no mesmo
problema,
  http://dx.doi.org/10.1016/j.neuroimage.2012.12.045
  http://dx.doi.org/10.1016/j.media.2013.05.008

Nada de *Open Access*.

Acredito (teríamos de verificar mais artigos) que boa parte das
comunicações sérias sobre o assunto "bug metodologico nos sistemas de
fMRI"
dos últimos 15 anos não seja *Open Access*!

- - - -
PS: esclarecendo quem não acompanha o mundo Open Access. Alguns trabalhos
(ex. tese e manuscritos <http://arxiv.org/abs/1511.01863> recentes do
Eklund) foram abertos e ajudam o "publico" (*experts* da área) entender o
questionamento... O problema são os 15 anos de fé (dos usuários de
sistemas
fMRI) no dogma do "sistema 100% confiável".
A discussão sobre Open Access acima é muito mais sobre o
*   conjunto de autores e artigos fiáveis que fizeram a revisão e
homologação de indícios e do bug*
... Essa ideia de "*artigos fiáveis*", feliz ou infelizmente, ainda é o
lastro da Ciência e da sua interseção com o Direito.
Uma discussão dessas requer dezenas de pessoas e artigos fiáveis, e uma
comunidade de centenas de não-autores em volta dando corda... A
comunidade
seria maior, cresceria mais rápido, e seu veredicto seria muito mais
rápido, se fosse tudo em Open Access.

Em 7 de julho de 2016 13:42, Edgar Zanella Alvarenga <e em vaz.io> escreveu:

> Não é o caso Peter. Os três sistemas analisados no artigo (SPM, FSL,
> AFNI)
> são open source.
>
> E.
>
> On 07/07/2016 13:44, Peter Krauss wrote:
>
>> Bom dia OKBRs,
>>
>> Houve impacto na confiabilidade dos últimos 15 anos de pesquisa
>> em Ressonância Magnética Funcional (do inglês fMRI [1] -
>> _Functional magnetic resonance imaging_), e o tamanho deste impacto
>> está sendo discutido por toda comunidade, usuária e de pesquisa, a
>> partir deste artigo publicado em junho,
>>
>>    http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1602413113 [2]
>>    "Cluster failure: Why fMRI inferences for spatial extent have
>> inflated false-positive rates"
>>
>>
>> Não ficou claro o quanto de "software aberto" e "metodologia
>> estatística aberta" vinham embarcados nos sistemas fMRI... Mas
>> certamente o fato de serem todos empacotados em caixas pretas [3]
>> (pacotes com _royalties _milionários da  Philips, Siemens, etc.), e
>> de uma boa parte dos artigos  científicos (muitos indiretamente
>> financiados pelas empresas) que "auditavam" o sistema não serem Open
>> Access [4], ajudou a chegar neste extremo.
>>
>> ALGUÉM TEM MAIS DADOS SOBRE ISSO?
>> Acredito que seja um _case_ importante de justificativa para ambos
>> (!), o uso de software aberto e a necessidade de publicações
>> científicas mais abertas e auditáveis.
>>
>> - - - -
>> PS: tem uma introdução didática sobre o assunto em portugues [5].
>>
>>
>>
>> Links:
>> ------
>> [1] https://en.wikipedia.org/wiki/Functional_magnetic_resonance_imaging
>> [2] http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1602413113
>> [3] https://en.wikipedia.org/wiki/Black_box
>> [4] https://en.wikipedia.org/wiki/Open_access
>> [5]
>>
>> http://super.abril.com.br/ciencia/bug-em-software-de-ressonancia-magnetica-pode-invalidar-15-anos-de-pesquisas-sobre-o-cerebro
>>
>> _______________________________________________
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