[okfn-br] Digest okfn-br, volume 55, assunto 28

Heloisa Pait heloisa em ok.org.br
Quinta Fevereiro 25 20:24:13 UTC 2016 

Divulgar um curso na área é sempre bom, mesmo que fosse pago!

Divulgar uma empresa da área eu também não vejo problema algum; aliás,
tenho sempre sustentado que nós devemos trazer (trazer?) para a OKBr
pessoal de negócios e apoiá-los, pois são os negócios que tem fôlego para
pressionar de modo permanente por maior transparência. (Eu temo é a
convivência muito estreita com os governos, com alto poder de cooptação.)

Só devemos evitar na lista postar nossas posições partidárias e mais ainda
eleitorais. Não é o lugar. Eu participo ativamente da vida política
nacional, mas busco deixar as coisas separadas.


Em 25 de fevereiro de 2016 15:20, Neide De Sordi <nsordi em gmail.com>
escreveu:

> Prezados,
>
> Acredito que o Brasil está melhor que muitos países na questão da
> Informação para a Pesquisa. Estamos muito adiantados no desenvolvimento de
> repositórios institucionais Digitais. Segundo o Registry of Open Access
> Repositories – ROAR, o Brasil é o sexto país do mundo em número de
> repositórios institucionais digitais de acesso aberto:
> http://roar.eprints.org/ <http://roar.eprints.org/>
>
> Entre as iniciativas brasileiras destaco as ações do Instituto Brasileiro
> de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT) como o lançamento do
> Manifesto Brasileiro de Apoio ao Acesso Livre (
> http://livroaberto.ibict.br/Manifesto.pdf), a construção do Portal
> Brasileiro Acesso Aberto à Informação Científica - Portal Oasis.Br (
> http://oasisbr.ibict.br/vufind/) , o apoio às universidades e
> instituições públicas na construção de repositórios institucionais,
> temáticos e publicações eletrônicas e de incubadora de repositórios e
> publicações eletrônicas (
> http://www.ibict.br/informacao-para-ciencia-tecnologia-e-inovacao%20/repositorios-digitais),
>  a absorção, customização e transferência de pacotes de software *open
> source* (DSpace, SEER e outros softwares que atendem aos padrões para
> publicações científicas) e a criação da Rede Brasileira de Serviços de
> Preservação Digital – Rede CARINIANA.
>
> Aproveitando a oportunidade, faço um comercial: Sou diretora da
> InnovaGestão – Consultoria em Informação, empresa especializada em serviços
> e produtos de informação que utiliza exclusivamente softwares abertos.
> Divulgo o link para o nosso próximo curso: Desenvolvimento de repositórios
> institucionais e bibliotecas digitais utilizando o Dspace (
> http://www.innovagestao.com.br/)
>
> Caso esta ação de divulgação seja contra as normas desta lista. Peço
> desculpas, mas este curso, aberto ao público, só é encontrado aqui.
>
>
> Abraços
>
>
>
> Neide De Sordi
>
> Em 25 de fevereiro de 2016 11:37, <okfn-br-request em lists.okfn.org>
> escreveu:
>
>> Enviar submissões para a lista de discussão okfn-br para
>>         okfn-br em lists.okfn.org
>>
>> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>>         https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br
>> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
>> corpo da mensagem para
>>         okfn-br-request em lists.okfn.org
>>
>> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
>> endereço
>>         okfn-br-owner em lists.okfn.org
>>
>> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
>> mais específica que "Re: Contents of okfn-br digest..."
>>
>>
>> Tópicos de Hoje:
>>
>>    1. Re: relação entre a abertura de dados e a Reprodutibilidade
>>       em Ciências (Peter Krauss)
>>
>>
>> ----------------------------------------------------------------------
>>
>> Message: 1
>> Date: Thu, 25 Feb 2016 11:37:09 -0300
>> From: Peter Krauss <ppkrauss em gmail.com>
>> To: "Grupo de interesse em conhecimento livre no Brasil, especialmente
>>         dados abertos // Open Knowledge discussion list for Brazil"
>>         <okfn-br em lists.okfn.org>
>> Subject: Re: [okfn-br] relação entre a abertura de dados e a
>>         Reprodutibilidade em Ciências
>> Message-ID:
>>         <CAHEREtsczwRnWqgziou=Hc6NQWLZdPvbcm1DdAX4Yj57tC=
>> fjg em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>>
>> Oi Daniela, obrigado oferecer ao publico slides relevantes de forma mais
>> aberta!  Poderia acrescentar licença <https://creativecommons.org/choose/
>> >?
>>
>>
>> Não pude ler tudo, chamaram atenção os comentários sobre estudo do Van
>> Noorden <http://dx.doi.org/10.1038/nature.2015.17694>  (não vi links para
>> dados e detalhes metodológicos, voce tem isso?)
>>
>> - - -
>> Retomando o assunto de 2015...
>>
>> No geral, acho que já há uma boa dose de consciência da relevância e dos
>> desafios da comunidade científica brasileira, mas pouquíssimos deram o
>> passo seguinte que é conhecer e *usar os padrões*... Enquanto não houver
>> aderência aos padrões nada cresce de forma sustentável, e continuaremos
>> interagindo mais com os gringos do que entre nós... Padronizar e cooperar
>> são sinônimos nesse contexto.
>>
>> Fica a sugestão de aproveitar o seu público, já conscientizado dos
>> conceitos e problemas, e oferecer a eles uma  apresentação ou workshop
>> complementar,  sobre padrões essenciais...
>>
>> - - - -
>>
>> ... Pessoalmente, para dados pulverizados (que depois formam uma massa
>> coerente de *big data* conforme uso),  acho que são esses dois:
>>
>> * *JATS* - https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_Article_Tag_Suite
>> * *CSV com semântica* - https://www.w3.org/TR/tabular-data-model/
>>
>> No caso de padrões específicos de uma base mais especializada, como as
>> bases já clássicas de astronomia e genoma, a solução aberta para fomentar
>> o
>> uso, é oferecer descrição dos metadados via padrões da Web Semântica, tais
>> como  JSON-LD <http://json-ld.org/> e  Microdata
>> <https://www.w3.org/TR/microdata/> (ex. SchemaOrg
>> <http://schema.org/docs/gs.html>), que vêm se consolidando.
>>
>> PS: existem também iniciativas de *big-data* de uso científico e apoio do
>> publico (*crowdsourcing*) e pesquisadores (vide bases cartográficas
>> PostGIS
>> <http://postgis.org/> nas universidades), o exemplo mais importante creio
>> que seja o OpenStreetMap
>> <http://wiki.openstreetmap.org/wiki/Databases_and_data_access_APIs>.
>>
>>
>> Em 25 de fevereiro de 2016 10:32, Daniela Brauner <danibrauner em gmail.com>
>> escreveu:
>>
>> > Olá Peter e demais integrantes da lista,
>> >
>> > Desculpem me pela demora pra responder o email de setembro 2015.
>> > Obrigada por todas as informações (muito legal!)
>> >
>> > Eis o link dos slides, da apresentação que fiz sobre compartilhamento de
>> > dados científicos em 2015:
>> >
>> https://docs.google.com/presentation/d/1ZpvQ_7_9CuqmLpCrY2X25kekVgIbsL7nnPcsmhfHzN4/edit?usp=sharing
>> >
>> > Gostaria de saber se vcs tem um grupo para discutir mais ativamente (por
>> > hangout ou ferramentas online). Estou no RS e gostaria de participar de
>> > forma remota. ;) Não só das atividades relacionadas à dados abertos
>> > cientificos, mas dados abertos no geral.
>> >
>> > Obrigada
>> >
>> > Abs
>> > Dani
>> >
>> >
>> >
>> > Em 12 de setembro de 2015 08:39, Peter Krauss <ppkrauss em gmail.com>
>> > escreveu:
>> >
>> >> Olá Daniela,
>> >>
>> >> Na minha visão o JATS em OpenAccess  já é uma iniciativa revolucionária
>> >> de dados abertos (!).
>> >> Claro, sempre há potencial para fazer mais, porém há necessidade de
>> >> seguir passo-a-passo a evolução, consolidar as coisas... consolidar a
>> >> cultura.
>> >>
>> >> O SciELO SPS
>> >> <
>> http://docs.scielo.org/projects/scielo-publishing-schema/pt_BR/1.2-branch/>
>> é
>> >> como um "JATS ABNT", ou seja, é de fato o padrão brasileiro para
>> registrar
>> >> artigos científicos.
>> >>  PS: as editoras e o governo (ex. FAPESP) já vem investindo nisso desde
>> >> 2013.
>> >>
>> >> Comentei do *Material Suplementar* pois ele faz parte desse padrão, e
>> os
>> >> recursos oficiais (esquema de "depósito legal
>> >> <https://en.wikipedia.org/wiki/Legal_deposit>" do artigo científico),
>> >> como o acervo SciELO, permitem o depósito casado do artigo com o seu
>> >> material suplementar.
>> >> ... Este artigo da descoberta das cores do camaleão
>> >> <http://dx.doi.org/10.1038/ncomms7368> tem bons exemplos de material
>> >> suplementar, e está também disponível no repositório PubMed Central
>> >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4366488/> (para obter o
>> >> JATS ver links FTP
>> >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/oa/oa.fcgi?id=PMC4366488>)...
>> >> Exemplo de revista rica em tabelas e materiais suplementares JATS, tem
>> a PLOS
>> >> ONE <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/440/> e a brasileira GMB
>> >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/1440/>.
>> >>
>> >> O incrível, que chama atenção, é que a cultura das revistas e dos
>> autores
>> >> é uma barreira: não existem barreias técnicas atualmente, pelo
>> contrário
>> >> (!).  É preciso ensinar a comunidade científica a usar os recursos mais
>> >> simples, nem sequer o mais simples vem sendo usado.
>> >>   PS: as estatísticas de uso de material suplementar nas revistas são
>> >> baixíssimas (inferior a 1% dos artigos com tabelas), e editores
>> brasileiros
>> >> insistem em publicar tabelas de dados imensas em PDF ao invés de focar
>> no
>> >> conteúdo (ex. tabelas com estatísticas e sumarizações), e exigir que
>> >> autores usem o recurso do material suplementar.
>> >>
>> >> Enfim, JATS XML é o que temos de melhor e de mais amplamente usado nos
>> >> dias de hoje para "Compartilhar dados científicos"...
>> >> É ainda um  "compartilhar" restrito à publicação de artigos científicos
>> >> (conteúdo, metadados do conteúdo, e dados suplementares do artigo).
>> >>
>> >> Perceba o quanto isso é importante, e o quanto ainda estamos patinando
>> na *barreira
>> >> cultural*...
>> >> Veja o exemplo dos seus slides
>> >> <
>> http://www.slideshare.net/DanielaBrauner/apresentacao-forumrnp-2015-daniela-brauner
>> >:
>> >> não posso copiar/colar trechos de texto, não posso seguir links, pois
>> estão
>> >> no formato imagem... É um conteúdo aberto, mas com apenas uma estrela
>> >> <http://5stardata.info/en/>. A aderência a uma "nova cultura" precisa
>> >> ser ampla...
>> >>
>> >>  - - -
>> >>
>> >> Já o compartilhamento de dados em bancos de dados eu vejo como uma
>> >> evolução, que dependeria um pouco de termos essa cultura mais sólida.
>> >> De qualquer forma, como iniciativa, os *bancos de dados
>> compartilhados* correm
>> >> em paralelo,
>> >> não podem ser confundidos como uma "obrigação do pesquisador"
>> >> (ao contrário do JATS que hoje é uma exigência do SciELO, do PubMed
>> >> Central e diversos outros repositórios sérios).
>> >>
>> >> Algumas áreas possuem padrões, ferramentas, etc. que permitem o uso de
>> >> bancos de dados compartilhados e *big data*: OpenStreetMaps
>> >> <http://www.openstreetmap.org/> é um exemplo onde cientistas e pessoas
>> >> comuns compartilham dados...
>> >> A cada área (física de partículas, genética, análise climática, etc.
>> >> etc.) pode ou não haver oportunidade de uso de grandes bancos de
>> dados. A
>> >> maior parte ainda não tem seu *big data* padronizado e compartilhado.
>> >>
>> >> Além do *big data*, existem os casos intermediários, entre "material
>> >> suplementar" (ex. planilhas em formato CSV) e o banco de dados, que
>> são os
>> >> chamados *datasets*, promovidos pela OKFN no projeto *Data Packaged
>> Core
>> >> Datasets* <https://github.com/datasets/>.
>> >>
>> >> Esses bancos de dados (dos *datasets* ao *big data*), para terem
>> >> sucesso, exigem uma certa democracia para que sejam de fato atrativos,
>> >> confiáveis, transparentes.... É o que chamam de *curadorias digitais*.
>> >> Além disso o critério de *veracidade* (inerente à questão da
>> >> reprodutibilidade científica) de cada área do conhecimento requer uma
>> certa
>> >> "intuição coletiva", que só uma curadoria ampla e igualmente aberta
>> pode
>> >> assegurar.
>> >> No Brasil ainda estão nascendo as curadorias e as bases de dados
>> >> compartilhadas... são pouquíssimos os exemplos pois, novamente, há uma
>> >> cultura acadêmica arraigada do "meus dados", como você bem lembrou.
>> >>
>> >>
>> >> (respondendo *inline* os detalhes)
>> >>
>> >> Em 11 de setembro de 2015 11:05, Daniela Brauner <
>> danibrauner em gmail.com>
>> >>  escreveu:
>> >>
>> >>> Oi Peter e amigos
>> >>>
>> >>> Pois então.... As editoras, agências de financiamento e quem sabe até
>> as
>> >>> próprias universidades e outros, que obtém resultados de P&D,
>> deveriam ter
>> >>> repositórios ou exigir que os dados utilizados em artigos fossem
>> >>> compartilhados de forma aberta.
>> >>>
>> >>
>> >> tentei expressar acima, fique a vontade para replicas ;-)
>> >>
>> >>
>> >>> Já existem plataformas que permitem isso como o Dataverse criado em
>> >>> Harvard.
>> >>>
>> >>>
>> >> Dei uma olhada mas nunca havia usado... Existem exemplos brasileiros?
>> >> Qual a vantagem em relação a uma base especializada, ou em relação aos
>> >> repositórios JATS genéricos?
>> >>
>> >>
>> >>> Mas temos alguns desafios importantes para resolver para garantir o
>> >>> reuso a longo prazo desse tipo de dados (IDs persistentes das
>> coleções,
>> >>> proveniência etc. Coisas que sabemos como fazer basta colocar em
>> prática).
>> >>>
>> >>
>> >> Bem lembrado, e acredito que "identificar" é o primeiro passo para
>> >> qualquer iniciativa... Conheço a fundo três exemplos de IDs
>> persistentes,
>> >>
>> >> * *DOI*: de longe o mais difundido, apesar do custo não ser irrisório.
>> >>
>> >> * *ISSN*: difundido apenas para revistas, mas poderia estar acoplado ao
>> >> DOI (além de igualmente custoso), é mau usado nesse sentido, tenho um
>> >> projeto OKBr para isso, https://github.com/okfn-brasil/ISSN-L-Resolver
>> >>
>> >> * LexML e as *URNs LEX*: o único exemplo 100% brasileiro, sem custo,  e
>> >> transparente. Gosto muito dele, ver http://www.lexml.gov.br/     Para
>> >> apoiar outros usos tem o projeto OKBr
>> >> https://github.com/okfn-brasil/getlex
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>> Existe uma variedade muito grande de formatos, tipos e metadados, que
>> >>> dificultam a interoperabilidade mas acredito que as barreiras
>> culturais
>> >>> ainda são o maior impedimento... "Os MEUS dados".
>> >>>
>> >>>
>> >> Discuti acima a solução que se consolidou em artigos científicos:
>> *JATS*
>> >> (e CSV para materiais suplementares).
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>> Fiz uma apresentação sobre isso outro dia onde tentei listar os
>> desafios
>> >>> e falei sobre uma iniciativa que apoia discussões sobre
>> compartilhamento e
>> >>> reuso de dados científicos, chamada RDA.
>> >>>
>> >>> Checkout:
>> >>>
>> http://www.slideshare.net/DanielaBrauner/apresentacao-forumrnp-2015-daniela-brauner
>> Apresentacao
>> >>> ForumRNP 2015 - Daniela Brauner
>> >>>
>> >>>
>> >> Parece muito boa (!), tem como nos passar em formato aberto?
>> >> ;-)
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>> Abs
>> >>> Daniela
>> >>>
>> >>>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>>
>> >>> Em 11/09/2015, às 06:14, Peter Krauss <ppkrauss em gmail.com> escreveu:
>> >>>
>> >>> Um dos pilares do método científico e do "fazer Ciência" é a
>> >>> Reprodutibilidade <https://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility>...
>> >>>
>> >>> Quando falamos de *publicações científicas* abertas (muito da produção
>> >>> brasileira está hoje concentrada nos acervos do SciELO
>> >>> <https://en.wikipedia.org/wiki/SciELO>),
>> >>> ou seja, de OpenAccess <https://en.wikipedia.org/wiki/Open_access>,
>> >>> esquecemos da relação que isso tem com o conceito de
>> *reprodutibilidade
>> >>>  *-- e não só com *transparência* e *direito de acesso ao
>> conhecimento*.
>> >>>
>> >>> Um bom exemplo de aplicação prática do conceito é a publicação de
>> >>> tabelas em artigos.
>> >>> A *reprodutibilidade* é o que de fato explica o porquê, quando o
>> >>> pesquisador publica seu artigo científico numa revista,
>> >>> de *não* ser recomendado publicar *tabelas* em formato imagem (!), e
>> de
>> >>> não ser suficiente a revista oferecer apenas o PDF do artigo:
>> >>>
>> >>> * o ideal é enviar como materal suplementar
>> >>> <
>> http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1d3/element/supplementary-material.html
>> >
>> >>>  uma tabela CSV <http://www.w3.org/standards/techs/csv#w3c_all> ou
>> >>> planilha aberta, (um "conteudo pelo menos 4 estrelas
>> >>> <http://5stardata.info/en/>") para que *outros pesquisadores
>> >>> possam reproduzir as contas*, reutilizando operacionalmente a  tabela
>> >>> publicada.
>> >>>
>> >>> * o correto, dentro dos padrões atuais, é a tabela estar expressa em
>> >>> HTML, com dados linha a linha
>> >>> <
>> http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1d3/chapter/tag-tables.html>
>> para
>> >>> podermos copiar/colar do acervo online para uma  planilha.
>> >>>
>> >>> As revistas dos principais acervos, como SciELO e PubMed Central, são
>> >>> obrigadas hoje a entregar cada artigo, enquanto obra e documento
>> oficial,
>> >>> em ambos formatos, PDF e XML JATS
>> >>> <https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_Article_Tag_Suite> -- é o XML
>> >>> que dá origem à indexação, ao HTML, EPUB, etc. automaticamente.
>> >>>
>> >>> - - -
>> >>> O link abaixo veio de uma dica da Carol aqui na Lista (desculpem
>> perdi o
>> >>>  *thread* de onde cliquei o bookmark essa semana),
>> >>> muito bom, sobre esse assunto de "reprodutibilidade dos resultados do
>> >>> pesquisador",
>> >>>
>> >>>
>> >>>
>> http://www.ibtimes.com/scrutinizing-scientific-method-researchers-massive-open-access-study-fail-replicate-2071483
>> >>>
>> >>> *A publicação científica* se torna de fato *conhecimento* depois dos
>> >>> pares terem *reproduzido*, que na prática é uma auditoria ;-)
>> >>> não é muito diferente das contas públicas do governo.
>> >>>
>> >>> _______________________________________________
>> >>> okfn-br mailing list
>> >>> okfn-br em lists.okfn.org
>> >>> https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br
>> >>> Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br
>> >>>
>> >>>
>> >>> _______________________________________________
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>> Fim da Digest okfn-br, volume 55, assunto 28
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