[Open-science-nl] onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account?

Mon Jan 23 22:26:54 UTC 2017

Ha Egon,

OK, onderstaande lijstjes nu doorgelopen. Redelijk ruimhartig toegevoegd aan de groslijst vooralsnog, maar:

- slechts een paar echte onderzoeksgroepen (maar: yay!)
- veel centraal ICT
- vooral bij hogescholen soms alleen course repo's van opleidingen (en soms volstrekt onduidelijk)

Kijk dus maar even wat je met die laatste 2 categorieen wil.

Heb je al een Twitter oproep gedaan @instellingen om de lijst aan te vullen?

groeten, Bianca

 101 Innovations in Scholarly Communication<http://101innovations.wordpress.com>
.....................
Bianca Kramer, PhD | Subject Specialist Life Sciences and Medicine | Utrecht University Library | Heidelberglaan 3 Utrecht NL-3584 CS | www.uu.nl/library<https://www.uu.nl/en/university-library> | b.m.r.kramer at uu.nl<mailto:b.m.r.kramer at uu.nl> | room G.01.503 UMC Utrecht | working hours Mon-Tue mornings, Thu-Fri all day | Twitter: @MsPhelps<http://twitter.com/@MsPhelps>
________________________________
From: Open-science-nl [open-science-nl-bounces at lists.okfn.org] on behalf of Kramer, B.M.R. (Bianca) [B.M.R.Kramer at uu.nl]
Sent: Monday, January 23, 2017 9:55 PM
To: Egon Willighagen; Bram Zandbelt; open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: Re: [Open-science-nl] onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account?

Ha Egon, Bram,

Dit zijn misschien interessante ingangen om meer te vinden (niet allemaal relevant natuurlijk):

https://api.github.com/search/users?q=utrecht+type:org (n=23)
https://api.github.com/search/users?q=maastricht+type:org (n=6)
https://api.github.com/search/users?q=nijmegen+type:org (n=10)

etc voor de andere universiteitssteden.

Hogescholen zijn natuurlijk lastiger. Hoewel dit wel iets oplevert:
https://api.github.com/search/users?q=hogeschool+type:org (n=23)

Zal straks misschien nog even kijken of het leuk is om hier een R-scriptje op te zetten. Hoewel dat met deze aantallen ook weer niet echt nodig is :-)

groeten, Bianca

[101-innovations-icon-very-small] 101 Innovations in Scholarly Communication<http://101innovations.wordpress.com>
.....................
Bianca Kramer, PhD | Subject Specialist Life Sciences and Medicine | Utrecht University Library | Heidelberglaan 3 Utrecht NL-3584 CS | www.uu.nl/library<https://www.uu.nl/en/university-library> | b.m.r.kramer at uu.nl<mailto:b.m.r.kramer at uu.nl> | room G.01.503 UMC Utrecht | working hours Mon-Tue mornings, Thu-Fri all day | Twitter: @MsPhelps<http://twitter.com/@MsPhelps>
________________________________
From: Open-science-nl [open-science-nl-bounces at lists.okfn.org] on behalf of Bram Zandbelt [bramzandbelt at gmail.com]
Sent: Sunday, January 22, 2017 8:56 AM
To: open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: Re: [Open-science-nl] onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account?

Hi Egon,

Mooi initiatief! Ik heb de Github van het Donders Instituut van de RU toegevoegd.

Groet,

Bram

On 22 Jan 2017, 08:40 +0100, open-science-nl-request at lists.okfn.org, wrote:
Send Open-science-nl mailing list submissions to
open-science-nl at lists.okfn.org

To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit
https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/open-science-nl
or, via email, send a message with subject or body 'help' to
open-science-nl-request at lists.okfn.org

You can reach the person managing the list at
open-science-nl-owner at lists.okfn.org

When replying, please edit your Subject line so it is more specific
than "Re: Contents of Open-science-nl digest..."

Today's Topics:

1. onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account? (Egon Willighagen)
2. Re: progress updat on Dutch National Open Science Plan
(Egon Willighagen)
3. Re: onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account?
(Kramer, B.M.R. (Bianca))

----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Sat, 21 Jan 2017 15:17:46 +0100
From: Egon Willighagen <egon.willighagen at gmail.com
To: open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: [Open-science-nl] onderzoek/-wijs groepen met een GitHub
account?
Message-ID:
<CAMPqvY_G2PW1HbZAzcd6pAhUs8D_CcY1_m1jhdbOuH6kmgB2bQ at mail.gmail.com
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8

Hoi allen, (en Jeroen, Bianca, zie onderaan...)

om te laten zien dat het NL hogeronderwijs Open Science al omarmt, ben
ik op zoek naar duidelijk meetbare dingen... je kan dan denken aan
wetenschappers met een GitHub, BitBucket, of SourceForge account (voor
open software) of een account op Figshare (voor open data) or op een
preprint server... dat zijn er ongetwijfelt heel veel... Ook zou je
kunnen kijken naar alle Open projecten waarbij NL groepen betrokken
zijn... ook dat zullen er heel veel zijn.

Dat zou heel wat crowdsourcing vereisen...

Maar ik zat te denken aan een andere insteek, en daar heb ik gisteren
even snel naar gekeken... welke onderzoeksgroepen hebben de moeite
genomen om een GitHub organisatie op te zetten. Hypothese was dat
naast onze BiGCaT afdeling er toch wel meer moesten zijn... en dat
blijkt zo te zijn!

Dit heeft ook crowdsourcing nodig, dus heb ik een Google Spreadsheet
gemaakt met een seed, en in ieder geval een iemand heeft nog een groep
toegevoegd!

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1yXNQg4S7GVRbaB__zCoBr67y_uwx7Eq-C4JGowJMAt0/edit#gid=0

Op dit moment loopt Maastricht Uni voorop, gevolgd door de Radboud en
Utrecht Unis. Hogescholen blijken wat moeilijker te vinden...

Wie weet er meer?

Jeroen, Bianca, ik denk dat jullie 101 innovations study alleen op
persoonlijke info werkt, klopt?

Egon

--
E.L. Willighagen
Department of Bioinformatics - BiGCaT
Maastricht University (http://www.bigcat.unimaas.nl/)
Homepage: http://egonw.github.com/
LinkedIn: http://se.linkedin.com/in/egonw
Blog: http://chem-bla-ics.blogspot.com/
PubList: http://www.citeulike.org/user/egonw/tag/papers
ORCID: 0000-0001-7542-0286
ImpactStory: https://impactstory.org/u/egonwillighagen

------------------------------

Message: 2
Date: Sat, 21 Jan 2017 15:56:00 +0100
From: Egon Willighagen <egon.willighagen at gmail.com
To: "open-science-nl at lists.okfn.org" <open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: Re: [Open-science-nl] progress updat on Dutch National Open
Science Plan
Message-ID:
<CAMPqvY-DU0BUMKum=fWBTrKqJmzzmfqA1kY1ao2JJsWdLuLJHw at mail.gmail.com
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8

Hi all,

another update... one thing I did is looks for references on where the
term "Open Science" comes from... so far, I can only trace it down to
the Open Source and Open Data communities. I captured literature here:

http://www.citeulike.org/group/20496

Particularly, it seems quite influenced by Open Source and
governmental researchers in the USA in the late 90-ties...
particularly, the Brookhaven National Laboratory meeting was well
covered by independent sources... it's nice to see the role that Dan
Gezelter, operator of openscience.org, played in that, who was the
first Dr. Who of the Jmol software... I visited Dan in 2000 when we
designed the Chemistry Development Kit, which, yes, uses
openscience.org as basis for the package names...

On Wed, Jan 18, 2017 at 9:36 AM, Egon Willighagen
<egon.willighagen at gmail.com> wrote:
It would be quite timely if we get our webpage reinstantiated and will
contact the OKFN Open Science coordinators about this.

The science.okfn.org website seems a bit unstable, and I have trouble
again accessing it... but I updated its Wiki to list the NL mailing
list again...

Other local groups have G+ parts and even separate websites... ideas welcome!

Egon

--
E.L. Willighagen
Department of Bioinformatics - BiGCaT
Maastricht University (http://www.bigcat.unimaas.nl/)
Homepage: http://egonw.github.com/
LinkedIn: http://se.linkedin.com/in/egonw
Blog: http://chem-bla-ics.blogspot.com/
PubList: http://www.citeulike.org/user/egonw/tag/papers
ORCID: 0000-0001-7542-0286
ImpactStory: https://impactstory.org/u/egonwillighagen

------------------------------

Message: 3
Date: Sat, 21 Jan 2017 23:31:40 +0000
From: "Kramer, B.M.R. (Bianca)" <B.M.R.Kramer at uu.nl
To: Egon Willighagen <egon.willighagen at gmail.com>,
"open-science-nl at lists.okfn.org" <open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: Re: [Open-science-nl] onderzoek/-wijs groepen met een GitHub
account?
Message-ID:
<36F3D0F8AA4305469A1960786150CC5331468726 at WP0047.soliscom.uu.nl
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Ha Egon,

Mooi idee om dat op het niveau van onderzoekgroepen te doen! Ik zal kijken of ik morgen wat tijd heb om te zien of ik info kan aanvullen.

Met een andere insteek zijn Jeroen en ik enige tijd geleden op kleine schaal begonnen met het verzamelen van voorbeelden (ook in een workshop) van onderzoekers in NL die *een* aspect van hun workflow op een open manier uitvoeren. (zie bv. slide 20-27<https://docs.google.com/presentation/d/1FAQlSphvMbDLsG30PStqZ2iSHCsjgaJnb_jqlogzXW4/edit#slide=id.g190ef6129f_2_605> in een workshoppresentatie). Het idee hierbij is dus niet qua volume aantonen wat er al gebeurt in NL, maar voorbeelden te verzamelen die inspirerend kunnen zijn, vooral voor het idee dat je op heel veel manieren kunt beginnen met het opener maken van je onderzoeksworkflow.

Wat je vraag over de survey betreft: data zijn op het niveau van (geanonimiseerde) individuele respondenten. Er is wel te filteren op land van huidige of laatste affiliatie (dus NL in dit geval), naast een aantal andere demographics (discipline, research role, year of 1st publication). Voor Utrecht hebben we daarnaast de eigen (eveneens geanonimiseerde) data, en dat geldt ook voor een aantal andere instellingen, maar het is aan henzelf wat men daarmee doet. Sowieso blijven het getalsmatige data, die niet terug te voeren zijn op onderzoeksgroepen, GitHub repos etc.

Bijgaand de geaggregeerde resultaten voor Nederland (n=2041) voor een aantal onderzoeksactiviteiten gerelateerd aan Open Science. We hebben dit ook gedeeld met het NPOS schrijfteam.

to be continued....

groeten, Bianca

________________________________________
From: Egon Willighagen [egon.willighagen at gmail.com]
Sent: Saturday, January 21, 2017 3:17 PM
To: open-science-nl at lists.okfn.org
Subject: onderzoek/-wijs groepen met een GitHub account?

Hoi allen, (en Jeroen, Bianca, zie onderaan...)